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A mediados del siglo XVI le examinaron y estudiaron en las biblio-tecas de esta última ciudad, entre otros el matemático portugués Pedro Nuñez , Honorato Juan, Juan de Herrera y Diego de Valencia, ocupándoseestos dos últimos, por encargo del Príncipe D. Carlos, en copiarle, trazandode nuevo sus figuras; copia que se guarda en la actualidad en la Biblio teca Escurialense .
Este Códice régio, que en otra parte le hemos llamado rari nantes ingurgite vasto , estaba completo, conservando todas sus vitelas y magnifi-cencia de escritura y ornamentación, en el trascurso del siglo XIV, puesde no ser así, hubiera sido imposible la versión florentina que de él se hizoen Sevilla en 1341, la cual casi se corresponde exactamente columna ácolumna, teniendo por otra parte calcadas y exactamente iguales todas susfiguras.
En el estado de perfecta conservación de que hemos hablado debióguardarse este Códice original hasta últimos del siglo XV, época en lacual pudieron desglosarse algunas de sus vitelas con peligro de perderse;cuya conjetura la fundamos en la existencia de la copia completa de lostres primeros libros de las estrellas, que se guarda actualmente en la Bi-blioteca de la Academia Matritense de la Historia, cuyo códice , aunqueen papel, sus primeras hojas parecen escritas á últimos del siglo XV óprincipios del XVI. No se puede decir de ellas que sean un facsímile delCódice Alfonsí original del siglo XIII, como lo es casi la versión floren-tina, actualmente vaticana. Pero si este fragmento castellano en papel es sim-plemente copia de las antiguas vitelas Alfonsíes, las figuras de las cons-telaciones en el centro de sus asteriscos parecen reproducciones fieles porel calque de las mas antiguas y primitivas; sirviendo estas figuras parademostrar que el Códice Alfonsí original del Saber de Astronomía , aunquealgunas ó todas sus vitelas estuviesen desglosadas, se conservaban todavíaíntegras por su número en los primeros años del siglo XVI.
En la primera mitad de esta última centuria creemos debió sufrir elCódice original del Saber de Astronomía grandes pérdidas , desapare-ciendo de él muchas vitelas del principio, y resultando otras mutiladas;por cuya razón, en la copia de Honorato Juan ó del Príncipe D. Carlos,que se guarda actualmente en la Biblioteca Escurialense , aunque concluidapor Juan de Valencia y trazadas sus figuras por el ilustre Juan de Herrera, sesuprimieron en ella los tres primeros libros de las estrellas y los del quadrantede rectificar, estos últimos por faltar las tres ó cuatro vitelas del 2.° libro,y aquellos por haber desaparecido las 31 ó 32 primeras, y las que quedabanhasta llegar al libro del cuento de las estrellas, ¡infantilmente mutiladas.
Los libros Alfonsíes del Saber de Astronomía continuaron guardadosen la Universidad de Alcalá, en el estado último que llevamos referido, enel trascurso de los siglos XVII y XVIII. En estas dos centurias fueron