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Berne avait d’abord exigé de Genève quelle lui cédâtles anciens droits séculiers de l’évêque, mais elle renonçabientôt à cette prétention. Genève- fut désormais pour lesBernois maison ouverte et conclut avec eux un traité decombourgeoisie pour vingt-cinq ans. Nàgeli quitta, le 18Février, la ville qu’il avait délivrée et rentra à Berne le1 er Mars, après s’être emparé d’Yverdon. Mais, le 20 dumême mois déjà, il reçut l’ordre d’occuper les possessionsde l’évêque de Lausanne, Sébastien de Montfaucon, et deprendre le château de Chillon, où il rendit la liberté auprieur de St-Victor, François Bonivard, que le duc de Savoiey gardait prisonnier depuis longtemps. Deux jours aprèsla prise de Chillon, Nâgeli entra dans le château épiscopalde Lausanne. L’expédition se termina ainsi, et le Pays deVaud devint possession bernoise malgré les intrigues dela France et des autres cantons confédérés.
Les vainqueurs commencèrent par imposer la Réforme,aux vaincus. Le colloque de Lausanne (Octobre 1536) au-quel assistèrent Guillaume Farel, Pierre Viret et JeanCalvin, prépara l’avénement du nouveau culte. L’édit intro-duisant officiellement la Réforme fut promulgué déjà le21 Décembre, brisant ainsi un des liens puissants qui avaientuni les Vaudois à leurs anciens maîtres.
L’organisation administrative du pays était difficile,les villes s’opposant à toute atteinte portée à leurs vieillesfranchises. Elles n’avaient eu en effet à payer des impôts,que sous réserve de leur assentiment et n’étaient sou-mises que dans une mesure restreinte aux obligations dé-coulant du service militaire ; dans les assemblées des Etatsdu pays, elles avaient autrefois, de concert avec la noblesse,accordé ou refusé des secours de guerre et des impôts. MaisBerne agissait en conquérante, procédant au demeurant avecprudence, laissant, par exemple, à Lausanne la haute et