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Ces derniers surtout s’agitaient ; le cardinal CharlesBorromée, qui introduisit l’ordre des Jésuites dans notrepays et créa une nonciature à Lucerne, sut tout particulière-ment attacher à Rome les cantons de la Suisse primitive.Il réussit même à provoquer entre les cantons catholiquesune alliance pour le maintien de l’ancienne religion ; cettealliance (goldener ou borromeischer Bund) devait passer avant• toutes les autres. On ne fit qu’un pas dans la même voieen s’unissant étroitement au roi d’Espagne Philippe II etau duc de Savoie. Celui-ci jugea le moment venu de tramerun complot contre Genève ; Berne et Zurich protégèrent laville. Mais une autre de ses entreprises faillit être cou-ronnée de succès. Il avait corrompu le bourguemestre deLausanne, Isbrand Daux, qui se' mit à la tête d’une con-juration dont le but était de livrer Lausanne au duc et derétablir son pouvoir sur le pays de Vaud. Des troupes sa-voyardes attendaient à la frontière. Mais Daux fut trahien Décembre 1588 par son gendre Crousaz. Berne prit lesmesures nécessaires; trois des conjurés, qu’on parvint àarrêter, subirent la peine capitale.
On résolut de châtier le duc d’une façon exemplaire.On pénétra dans son duché de concert avec les Français.L’expédition n’aboutit pas, grâce à l’insuffisance du com-mandement dont l’avoyer Jacques de Wattenwyl ne s’étaitchargé qu’à contre-cœur et à des révoltes qui éclatèrentparmi les troupes. De plus, les interminables négociationsmenées avec le duc par Ulrich de Bonstetten ne pouvaientqu’être fatales aux Bernois qui durent se retirer. Thononet Gex furent perdus une seconde fois, et, dans le traitéde paix de Nyon (Octobre 1589), on sacrifia même Genève.L’issue de cette guerre mécontenta la bourgeoisie de Berneau plus haut degré ; le conseil fut obligé de sévir contreles coupables.